Újra itt van Leonardo, Donatello, Raffaello és Michalangelo, vagyis a tini nindzsa teknőcök, akik Szecska mestertől, a patkány szenszeitől tanulták meg a nindzsucu művészetét. A csatornarendszerben található rejtekhelyükről előbújva, a hüllőtestvérek belvetik magukat New York csodálatos világába, hogy szembe találják magukat a város elképzelhetetlenül veszélyes gonosztevőivel, és elképzelhetetlenül finom pizzáival.